Od 1997. godine, kada je Arhiv Federacije praktično započeo sa radom, do 2012. godine mijenjao se broj zaposlenih i kvalifikaciona struktura. Sada u Arhivu radi ukupno 16 zaposlenih sledeće kvalifikacione strukture:
• četiri državna službenika
• Osam namještenika
Veoma loša kvalifikaciona struktura popravljena je posljednjih godina. Do dolaska sadašnjeg direktora samo jedan zaposlenik, prethodni direktor, imao je visoku stručnu spremnu. Mogućnost popravka kvalifijkacione strukture spriječena je odlukom Vlade Federacije BiH o zabrani daljeg prijema novih uposlenika.